El Gran Arrecife Maya forma una barrera natural que transforma Puerto Morelos en una auténtica laguna. El mar es más tranquilo, lo que hace que el baño sea cómodo y seguro para familias y viajeros menos acostumbrados al mar abierto. Esta protección también influye en la visibilidad submarina, excelente para el snorkel: corales, esponjas y peces tropicales se revelan a pocos metros de la superficie.
Las excursiones ofrecidas por los clubes locales incluyen salidas adaptadas a principiantes, iniciaciones al buceo y salidas más técnicas para buceadores certificados. Un imprescindible es la exploración de pecios, como el barco Juan Escutia, convertido en arrecife artificial y refugio de numerosas especies. Estas visitas son guiadas por expertos sensibilizados con la protección del ecosistema, respetando las normas del Parque Nacional Marino.
Las playas principales son fácilmente accesibles y ofrecen arena fina, aguas transparentes y zonas de sombra. Para una experiencia más salvaje, playas aisladas como Playa Secreto se alcanzan en kayak o en barco, ofreciendo una sensación de evasión total. La temporada seca de octubre a marzo es ideal para las actividades náuticas: vientos moderados para el kitesurf y el windsurf, mar tranquilo para el buceo y el snorkel.